1945年的夏天，二次世界大战的阴影从地球上空褪去。远在北方的色丹岛无法独占宁静，炮火轰炸过后不久，苏联人的战舰军队到来，令日本岛民们不知是吉是凶。濑能家的两兄弟——10岁的淳平（横山幸汰 配音）和7...

正在进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）、小遥（KAORI 配音）和小正（山田ふしぎ 配音），在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美（眞鍋かをり 配音）及其所在的玛丽娜剧团，于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代，她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普（藤岡弘 配音）夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿，神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败，他将与洋美、小精灵护林员杰克（山寺宏一 配音）以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
　　本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。

昭和30年，位于山口县的防府市，是一个依山傍水、空气清新的美丽所在。就读小学三年级的青木新子（福田麻由子 配音）自幼生长在这里，她最喜欢听爷爷讲述的关于这个小町千年前古国国筑的故事。某天，一个来自大都市的转学生走入新子所在的班级。这个名叫岛津贵伊子（水沢奈子 配音）有着白皙的皮肤，受过良好的教育，与土生土长的孩子们截然不同。新子与略显拘谨的贵伊子结为好友，更带领贵伊子融入了这片充满了幻想和魔法的田园生活……
　　本片根据高樹のぶ子的自传体小说《マイマイ新子（空想新子）》改编，并荣获2010年第14届日本文化厅传媒艺术节最佳动画片奖。

小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日，博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板，并因此惹祸上身下落不明，留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字，竟然幻化成为了强大的“未知图腾”，为了抚慰小美孤单的心灵，未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中，随着时间的推移，小美曾经的家被结晶包围，成为了一座结晶塔，而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。
　　为了满足小美“想要妈妈”的愿望，未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中，迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途，然而，小美的心智早已经被污染殆尽，在她的眼中，小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。

电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。
　　少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河......
　　鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。
　　因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。
　　在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择…

隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。