2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密

在神仙教母的帮助下，辛蒂瑞拉（詹妮弗·黑尔 Jennifer Hale 配音）和王子（Christopher Daniel Barnes 配音）结合过上了幸福的生活。然而好景不长，邪恶的后母发现了辛蒂瑞拉魔法的秘密，她偷走了神仙教母的魔杖，施法使时光倒流到了辛蒂瑞拉未去参加舞会之时，几乎是一瞬间，辛蒂瑞拉重新变回了寄人篱下的灰姑娘，失去了所有的一切。
　　在魔法的作用下，辛蒂瑞拉那刻薄的姐姐安娜斯塔西娅（崔丝·麦妮利 Tress MacNeille 配音）穿上了水晶鞋，而王子亦被魔法蛊惑，决定迎娶安娜斯塔西娅。心急如焚的辛蒂瑞拉决定为自己的命运而战，她悄悄混入了皇宫之中。虽然没有了魔杖，但辛蒂瑞拉坚信，真爱的力量能够帮助她取得最终的胜利。

西元2133年，世界陷入荒芜与混乱，愚蠢的人类亲手用核武器摧毁了自己赖以居住的场所。硝烟与战火散尽之后，孕育着希望的新城奥林帕斯建立起来，高科技的产物生化人 隆重登场，充当着服务人类的重任，而ESWAT则担负起保卫世界和平的重任。在一次执行任务中，布里艾诺斯（山寺宏一 配音）为保护女友迪娜•纳兹（小林爱 配音）而身受重伤，之后ESWAT高层利用布里艾诺斯的基因制作了生化人特雷斯，并让他和迪娜组成新的搭档。虽然颇有抵触，但在一段时间的相处后，迪娜内心深处悄悄发生着变化。
　　与此同时，各地接连发生机器人失控危及人类的情况，而他们使用的武器全部指向了重工业最大生产国波塞冬。奥利帕斯高层研究加强对通信卫星的监控，突然之间，ESWAT内部经过改造的半机械人也失去控制。新的危机呈现，迪娜面临重大的抉择…

隐藏在每天交替时刻的狭缝中的时间，“影时间”。每当影时间来临，世界便停止运转，人们化为静立的棺木。之后，异形的怪物“Shadow”便现身破坏。能够与之对抗的，只有能够使用“Persona”这种特殊能力的人类。转学到私立月光馆学园的少年结城理觉醒了Persona的力量，之后被前辈桐条美鹤邀请加入“特別课外活动部”。在那里聚集的，都是同样拥有力量的Persona使用者。他们为了各自的目的追寻着影时间的真相，并与难以想像的命运展开了对峙ーー。剧场版第二章“Midsummer Knight's Dream”登场。

小禽龙阿拉达生活在白垩纪晚期，他自小就生活在一个桃花园般的小岛上。由一群狐猴抚养长大大的阿拉达从来就没有见过自己的同类，与他的狐猴朋友一直无忧无虑的生活在一起。一场不期而至的流星雨将阿拉达所在的小岛击毁了，阿拉达和他的狐猴朋友一起逃难来到了大陆。这时，因为大气变热，水源供给越来越紧张，阿拉达他们遇上了一群正在迁徙寻找新的栖身之地的恐龙并加入了他们。于是，阿拉达和同伴们一起开始了这次异常艰难的迁徙之旅。