照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……
　　本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

死を知り、死を見つめ、死と向き合う。さまざまな出会いと別れを繰り返し、その度に、成長を遂げてきた結城理と仲間たち。その戦いは、世界のためではなく、自分自身のためだったのかもしれない。それでも、戦いの先に平穏な日々があると信じて彼らは戦い続けてきた。しかし、滅びは人類が背負うべき運命だと少年は言う。友人だと信じていた少年が、無情にも現実を突きつける。季節は冬へ。その先にある春を迎えるため、理が下す決断とは……。

暴风雨之夜，小羊羊咩（成宫宽贵 配音）和野狼卡滋（中村狮童 配音）意外的躲进了一间小木屋避雨。在漆黑的房间里，羊咩和卡滋看不清彼此，交谈甚欢并约好第二天一起午餐。相约见面时，羊咩和卡滋发现了彼此的身份，面对羊咩的天然和善良，卡滋强忍着把羊咩吃拆入腹的冲动，在羊咩面前努力做只好狼，二者迅速成为好朋友。
　　羊咩和卡滋成为好友的事被羊群和狼群发现。羊咩被族长赋予任务去探听狼群的消息才能重归羊群；而卡滋这边，狼族给了卡滋“将功赎罪”的机会去羊咩那探听羊群的消息。身怀心事的羊咩和卡滋再次相约河边见面。突如其来的暴雨和卡滋的相救让二者发现无法去欺瞒对方，相约跳入洪流中的羊咩和卡滋劫后余生，没有退路的他们决定翻阅雪山，前往能让狼和羊能和平共处的翡翠森林。在前往的路上遭遇了狼族的围追，他们能否成功翻越雪山躲过狼群，卡滋又能否克服吃羊的天性，一起到达梦想的翡翠森林呢？

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。