在经历了种种波折和磨难之后，星际宝贝史迪奇（克里斯·桑德斯 Chris Sanders 配音）总算取得了“地球常住客”的身份，成为了莉洛（达科塔·范宁 Dakota Fanning 配音）家庭中的一份子。一年一度的草裙舞大赛即将拉开序幕，莉洛的妈妈曾经在比赛中夺得头筹，莉洛想要参加这届比赛，再现妈妈的风采。
　　就在莉洛为了参加比赛努力训练之时，史迪奇的身体开始出现一些奇怪的征兆，这些征兆从小小的麻烦演变成为了大大的混乱，再发展下去，甚至有可能威胁到史迪奇的生命安全！为了保护心爱的家人，莉洛决定去寻找发明了史迪奇的博士贾巴（大卫·奥根·斯提尔斯 David Ogden Stiers 配音），这位聪敏智慧的博士能否解决史迪奇身上的麻烦呢？

在一座位于城市中央的大剧院内，每个华灯初上的夜晚，剧院内便会响起《胡桃夹子》的旋律，美丽的芭蕾舞演员随着音乐翩翩起舞，曼妙多姿，倾倒众生。在剧院的最远端，小老鼠杰瑞和塔菲（Chantal Strand 配音）每日里准时观看《胡桃夹子》表演，他们欢呼喝彩，乐在其中。可是没有演出的日子如此难熬，杰瑞他们无比落寞。许是上苍知晓了他的心愿，剧院内所有的玩具突然有了生命，杰瑞和塔菲也进入了充满幻想和优美旋律的梦幻国度。剧院外面，白雪皑皑的街头巷尾，野猫之王和他的手下们正自得其乐。杰瑞和玩具们的美食盛筵引来野猫们贪婪的目光。包括汤姆在内的这群暴徒闯了进来，不仅破坏了晚宴，还抓走玩具芭蕾舞小姐。
　　杰瑞与塔菲由此展开了一段奇幻大冒险…

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……
　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。
　　虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。
　　不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

五岁的吉松和姐姐吉美自小失去了父母，过着相依为命的流浪生活，机缘巧合之下，姐弟俩得到寺院僧人的帮助，收留他们在寺院里住下。寺院内的生活轻松安稳，吉松年幼淘气，经常惹出小麻烦，但僧人们对他十分包容，还带领他进入修行的世界，令吉松单纯的相信，只要足够虔诚，就有机会见到他的妈妈。懂事的吉美已经双目失明，经常因为想念妈妈而偷偷哭泣，因怕弟弟伤心，无法向他说出母亲再不会回来的事实。冬天来临，吉松跟随僧人净觉到山上观音庵修行，但净觉最后一次下山采购时恰逢大雪封山，令他无法返回，五岁的吉松只身一人留在观音庵里，以他自己的方式终于见到了母亲…