堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。
　　园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。
　　然而就是从这些事件中，柯南找到了推理的逻辑：凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天，小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕，绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑，要在罪犯引爆最后一个炸弹前，把他找出来。

故事主人公小鼠和大象，为了挑战动物界的创意高手，千里迢迢来到动物创意村庄，在村里的土拨鼠老爸的关心爱护下，他俩快乐地生活着，并且不断发明创造出令创意村村民赞叹不已的作品。在与兔子和胖猫的竞争中不断展现...

蝙蝠侠到底是什么样的？本片通过6个相互关联又独立成篇的短片，为观众带来一个真正的蝙蝠侠。
　　《轮到我了》：4个儿童用吹牛的方法描述心中的蝙蝠侠形象，但这时伤痕累累的蝙蝠侠突然出现在他们面前。
　　《身陷火线》：蝙蝠侠送来一位犯人， 2位探员负责将犯人押解到监狱，不想路上碰到两个黑帮火拼，蝙蝠侠适时出现了。
　　《亲身历行》：蝙蝠侠有了新装备——卢修•福克斯为蝙蝠侠设计了一个防弹衣。这本该完美的设计，却给蝙蝠侠带来了苦恼。
　　《不见天日》：某宗教主教被绑架，幕后主使是蝙蝠侠的老对手稻草人。于是蝙蝠侠潜入下水道，与蜥蜴人、稻草人展开决斗。
　　《克服伤痛》：下水道的战斗令蝙蝠侠陷入伤痛与回忆之中，曾经一个印度女人教授布鲁斯•韦恩如何克服痛觉，现在，蝙蝠侠要自己去面对这一切。
　　《亡灵射手》：传奇杀手Deadshot受雇来到高潭市，蝙蝠侠再次出击

瘴气镇是一个风暴永驻的小镇，所有刚出生驼背的小孩都被疯狂的科学家拉去做助手，并且他们都叫伊戈尔。小镇里的科学家们都以发明邪恶的发明为荣，在每年举办的“全国邪恶科学大展”上夺冠更是每一个科学家梦寐以求的荣誉。其中一个科学家的助手伊戈尔（约翰·库萨克 John Cusack 配音），他不满足于当一辈子的助手，想成为一名科学家，并且展会上赢得第一名！恰好就在展会举行前两周，这个伊戈尔的主人格里肯斯坦博士（艾迪·伊扎德 Eddie Izzard 配音）突然猝死了，这对于伊戈尔是个天赐良机。于是，他冒着杀头的风险，冒名顶替了博士去参赛。在短时间里，他发明了他的第一个作品——伊娃（莫莉·香侬 Molly Shannon 配音），而天下没有不透风的墙，他冒名顶替的事情被人发现了，伊戈尔将如何化解问题，来完成自己的梦想……